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首次发现DNA非编码区与癌症风险强关联

发布人:浩然生物 浏览 5636次【字号 】 发布时间:2012年08月28日 打印本页

    来自美国加州梅奥诊所的研究人员发现体内遗传编码序列中某个特殊位点携带了一个“G”,而不是“A”的人群,比正常人群患有某种类型脑癌的几率,高出大约6倍。
这项研究是由遗传学家Margaret Wrensch,John Wiencke教授等人完成,公布在8月26日Nature Genetics杂志上,这将能帮助研究人员确定某种亚型神经胶质瘤的患病风险,这种疾病每年在美国诊断出的23000例脑癌症病例中占据约4600人。
    基于这个发现,科学家们已经开始考虑进行有关临床测试,只通过血液检查,就能告诉脑扫描异常的患者,他们患有什么样的肿瘤
研究人员还需要了解这种特殊的DNA变化是如何引发肿瘤的,Wrensch说,因为“这是发现的第一例,DNA非编码区域的改变与患癌风险紧密关联。”
几年前,当研究人员开始捕捉可能与胶质瘤发展相关联的基因组区域的时候,他们发现8号染色体中具有单核苷酸多态性SNPs的一个区域,与脑癌相关,之后Wrensch等人利用先进的基因组技术,搜寻导致脑癌形成的SNP。
    他们发现了七个候选基因,其中有一个称为rs55705857,这个基因之于胶质瘤,正如BRCA1之于乳腺癌。
有趣的是, 这一地区仅通过最费力的方法:新一代测序方法才能被发现,这说明实验和数学的快捷方式可能会错过这样罕见的,高潜力的基因突变,作者说。
Wrensch等人发现带有一种SNP——“G”,或者称鸟嘌呤的患者神经胶质瘤发展缓慢,而带有更常见的“A”腺嘌呤多态性的患者则相反。
“了解这种变异如何使患者肿瘤发展缓慢(还是致命的),非常重要”,Wrensch说。“这最终也许能发现扭转这些肿瘤的进程,或阻止肿瘤形成的方法。”
除此之外,研究人员还比较了这一基因变异在哺乳动物进化中的整个序列,发现 这一基因很保守,最早可以追溯到鸭嘴兽。研究人员还通过计算机建模,指出该区域也许编码一段小分子RNA,一种能调控细胞内遗传信息活性的核苷酸。
这一模型发现SNP位于小分子RNA的功能区域,这表明从“A”到“G”的遗传变化带来了严重后果。该研究小组正在分析这种小分子RNA确实存在,其功能可能是什么。
“变化后的小分子RNA可能靶向抑癌基因,可能激致癌基因,也有可能会参与调节基因组的稳定性,或者是这些都有,” John Wiencke说。 “现今基因组时代的最大挑战之一,就是找到所有这些新的基因突变的功能。”
(·Science:基因组测序解密癌症医学之谜(8-27)·Cell子刊:癌症研究生力军(8-23)·Science重要发现:癌症与微生物组(8-20)·Nature挑战癌症经典观点:缺失基因让癌症罢工(8-16)·李文雄院士Nature子刊发表癌症新研究论文(8-16)原文摘要:
A low-frequency variant at 8q24.21 is strongly associated with risk of oligodendroglial tumors and astrocytomas with IDH1 or IDH2 mutation Variants at 8q24.21 have been shown to be associated with glioma development. By means of tag SNP genotyping and imputation, pooled next-generation sequencing using long-range PCR and subsequent validation SNP genotyping, we identified seven low-frequency SNPs at 8q24.21 that were strongly associated with glioma risk (P = 1 × 10−25 to 1 × 10−14). The most strongly associated SNP, rs55705857, remained highly significant after individual adjustment for the other top six SNPs and two previously published SNPs. After stratifying by histological and tumor genetic subtype, the most significant associations of rs55705857 were with oligodendroglial tumors and gliomas with mutant IDH1 or IDH2 (odds ratio (OR) = 5.1, P = 1.1 × 10−31 and OR = 4.8, P = 6.6 × 10−22, respectively). Strong associations were observed for astrocytomas with mutated IDH1 or IDH2 (grades 2–4) (OR = 5.16–6.66, P = 4.7 × 10−12 to 2.2 × 10−8) but not for astrocytomas with wild-type IDH1 and IDH2 (smallest P = 0.26). The conserved sequence block that includes rs55705857 is consistently modeled as a microRNA.


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