在很多情况下，并不是所有的蛋白质都有可用于亲和纯化的标签，这使得蛋白质的纯化变得复杂和困难。由于亲和素和生物素具有很强的结合能力，因此可以利用这种特性,将亲和素固定在特定的介质，来分离和纯化生物素标记的各种大分子。 亲合素亦称抗生物素蛋白、卵白素或亲和素，是从卵白蛋白中提取的一种碱性糖蛋白：等电点(pI)为10-10.5，含糖约l0％，分子量为68kDa。纯品为白色粉末，易溶于水，在pH9-13的溶液中性质保持稳定，耐热并耐受多种蛋白水解酶的作用，80℃加热2min，仍保持活性，特别是和生物素结合后十分稳定。但对强光和Fe2+比较敏感。亲合素由4个相同的亚基组成，能结合4个分子的生物素。亲合素与生物素之间的亲和力极强，二者结合的亲和常数(Ka)为1015mol-1，比抗原与抗体的亲和力(Ka：105-11mol-1)至少高1万倍，因此二者能快速结合，而且反应不受外界干扰，有非特异性结合特性。 链霉亲和素 (Streptavidin，SA)，是链霉菌在培养过程中分泌的一种蛋白质产物。SA的分子量为60Kda，内4条序列相同的肽链组成。如同亲合素一样，一个SA分子也能结合4个生物素分子，二者亲和常数亦为1015/mol。SA的每条肽链含159个氨基酸残基，其中赖氨酸、精氨酸等碱性氨基酸的含量比亲合素少，因此SA是一种稍偏酸性的蛋白质，其pI为5.5，并且不带任何糖基。 中和亲和素（NeutrAvidin™），是PIERCE开发的一种去除糖链，分子量为65Kda，pI为6.3的亲和素，保留了与生物素的结合能力，但是大大降低了非特异性结合特性。单体亲和素，：是亲和素的单体，与生物素可逆结合，主要用来纯化蛋白质。