通常情况下，某一特定的实验中可能同时有几种二抗可供选择，如何能选择到最适合该实验的二抗，需要综合以下几个方面进行考虑：
1 一抗的物种来源
一抗是在什么物种来源的，相应的二抗也要是抗该物种的抗体。例如，如果一抗是在小鼠体内制备的，那么你就应当选择抗小鼠的二抗，如果一抗是在兔体内制备的，那么二抗就应当是抗兔的抗体。至于二抗本身是在什么动物中制备的对二抗的质量并无明显的影响。
2 一抗是属于哪个类或亚类
二抗需与一抗的类别或亚类相匹配。这通常是针对单克隆抗体而言。多克隆抗体主要是IgG类免疫球蛋白，因此相应的二抗就是抗IgG抗体.
单克隆抗体的类别及亚类通常会在产品列表中列出，如果你的一抗是小鼠IgM，那么相应的二抗就应当是抗小鼠IgM，或是抗小鼠IgG抗体。
如果单克隆一抗是小鼠IgG的某一亚类（IgG1，IgG2a，IgG2b，IgG3），那么几乎所有的抗小鼠IgG都可以与之结合，或者你也可以选择专门针对这一亚类的二抗，例如，如果你的一抗是小鼠IgG1，那么你可以选择抗IgG1的二抗，此种抗体在双标记实验中尤其适合。
如果你不知道一抗是哪一类别或亚类，那么抗小鼠IgG是一个不错的选择，因为此种抗体可以识别大多数类型的IgG免疫球蛋白。
下面总结了几种具有不同特异性的二抗：
针对整个抗体分子（H＋L）具有特异性：如anti-IgG(H+L)，此类抗体既可以与抗体的重链结合也可以与轻链结合，即与抗体分子的 Fc，F(ab’)2/Fab部分（见图5）均可反应，anti-IgG(H+L)也可以与其他免疫球蛋白家族反应（如IgM和IgA），因为所有的免疫球蛋白都具有相同的轻链（?链或?链）。
针对Fab片段具有特异性：这类抗体与重链轻链均可以结合，由于它们可以与轻链反应，它们同时也已和具有相同轻链的其他种类的免疫球蛋白反应。
这对Fc片段或重链具有特异性：这类抗体和重链的Fc部分反应，一次它们是类别特异性的（即gamma链特异性抗体只与IgG反应，mu链特异性抗体只识别IgM，依此类推）。
轻链（lambda，kappa）特异性：与所有类别的抗体反应，因为所有类别的抗体均具有相同的lambda链或kappa链。
经过吸附处理的二抗：不同来源的免疫球蛋白含有相似的结构，抗一个物种的抗体可能与其他物种发生交叉反应，一次有些二抗经过了动物或人类IgG吸附处理，以减少非特异性背景。例如，如果是小鼠的组织或细胞，那么选择经小鼠血清或IgG吸附处理过的二抗可以减少非特异性结合。但是此种抗体识别表位的数量被大大减少。
3 选择哪种形式的二抗，是整个IgG分子，F(ab’)2片段，还是Fab片段？
整个IgG分子：此种抗体适用于多数情况。
F(ab’)2片段：该种抗体是由两个靠二硫键连接的用于结合抗原的Fab片段组成，这些抗体用在特定的情况中，如需要避免抗体与具有Fc受体的细胞结合的情况。
Fab片段：它们只有一个结合位点，一般用来封闭内源性免疫球蛋白。
4 选用耦联有哪种探针的二抗？
一般来讲，耦联到二抗上的探针主要有酶（辣根过氧化酶HRP和碱性磷酸酶AP或其衍生物APAAP，PAP），荧光基团（FITC, RRX, TR, PE）和生物素。选用哪种探针的二抗主要取决于具体的实验。对于western blot和ELISA，最常用的二抗是酶标二抗，而细胞或组织标记实验（细胞免疫化学，组织免疫化学，流式细胞术）中通常使用荧光基团标记的二抗，免疫组化中也可以使用辣根过氧化酶或碱性磷酸酶标记的二抗。如果想要更大程度的放大检测信号，可以使用biotin/avidin检测系统。
5 抗体的纯度：
亲和层析纯化的抗体一般更受人们欢迎，因为这些产品的纯度最高，产生的非特异性背景最少。但是有些情况下也要考虑到纯化过程中损失的IgG部分，因为其中含有亲和力很高的抗体，尤其是当目的抗原存在的量很小的时候，高亲和性的IgG部分就显得尤为重要。